К середине 80-х годов М. А. Куликовский оставил руководство театром, его сменил В. Бухарин.
В 1988 году был дан старт первому региональному фестивалю профессиональных театров «Кубань театральная». В 2001 году, фестивалю будет присвоено имя М. А. Куликовского, а в 2010 году — статус биеннале.
 
В репертуаре театра 1980-х годов появляются интересные смелые эксперименты. Например, спектакль «Свадьбы» режиссера Н. Никольского, который способом монтажа создал постановку в трех частях: сцена свадьбы из «Клопа» В. В. Маяковского, сцена свадьбы из «Сильного чувства» И. Ильфа и Е. Петрова, и третья часть — по водевилю А. П. Чехова «Свадьба».
 
В 1989 году театр возглавил заслуженный деятель искусств России Р.А. Кушнарев.
Высочайшей оценкой деятельности Краснодарского театра драмы стало присвоение ему почетного звания «Академический» 30 июня 1996 года.
 
Последнее десятилетие ХХ века оказалось насыщенным новаторскими идеями и постановками, удивившими не только отечественного, но и зарубежного зрителя.
Мистерия «Идиот» Ф. М. Достоевского (реж. В. Д. Рогульченко, 1994 г.) была номинирована на Государственную премию России и представлена на сцене театра им. Е. Вахтангова. Там же был представлен и спектакль «Мамуре» Ж. Сармана. Он вошел во Всероссийскую программу «Национальное достояние России» (1996).
В середине 1990-х на московском фестивале «Островский в доме Островского» была показана постановка «Невольницы» (реж. А.Н. Говорухо). Комедия Аристофана «Мир» (1997) в конце 1990-х годов представляла Россию на греческом фестивале «Салоники — культурная столица Европы».
Театр драмы стал первым в России театром-победителем конкурса «Окно в Россию» в номинации «Театр года» с вручением «Пальмовой ветви» (1997).
Самым долговечным спектаклем, с успехом идущим и сегодня, оказался «Евангелие от Воланда» по мотивам романа М. А. Булгакова «Мастер и Маргарита» (1994) реж. Р. А. Кушнарева.
 
В 2000 году Р. А. Кушнарев покинул театр.